公司为何会扣除新入职员工两个月的社保？

公司扣除新入职员工两个月社保违法，应只扣个人部分。依据《劳动法》等规定，建立劳动关系即应缴社保，全额代扣违法。不及时处理，员工权益受损，可能引发劳动纠纷。
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公司扣除员工社保应只扣个人部分，违法扣除可举报。处理方式有：与公司沟通要求纠正；向劳动监察部门举报；寻求法律援助。选择方式时，应根据公司态度、自身权益受损情况等因素决定。
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公司不应全额扣社保。处理方式：1.与公司人力资源部门沟通，要求按法律规定只扣个人部分；2.若沟通无果，向当地劳动监察部门举报，并提供相关证据；3.若权益严重受损，可考虑聘请律师，通过法律途径维权。